現行科學界還沒有一個穩定的生物分類系統，生物的分類階層有時會出現乾坤大挪移的情形，例如青楓（Acer serrulatum Hayata）原本歸為槭樹科（或稱為楓樹科, Family Aceraceae），但目前槭樹科則已被併入無患子科（Family Sapindaceae），所以青楓現在是無患子科。除了科別可能改變，少數的情況下，生物歸屬的界也可能改變，舉例如水黴菌（按：水黴菌是水黴科Family Saprolegniaceae這一類生物的總稱，並非指涉特定物種），水黴菌原本歸屬於原生生物界（Kingdom Protista），目前則有學者提出將之歸為一個新成立的界——原藻界（Kingdom Chromista）。
生物分類的五界系統（Whittaker於1969年提出）中，原生生物界包含的生物彼此間差異相當大，而學者依生物的營養方式，將原生生物區分為三類，分別為類似動物（異營）的原生動物、類似植物（自營）的藻類，以及類似真菌（分解）的原生菌類。但須注意的是這三分類僅為依生物營養方式區分，而與演化上的親緣關係較無關聯，故較具有「生態」的意義，較不具「分類」的重要性。例如兩種原生生物因其營養方式皆類似真菌，故被分為原生菌類，但可能其中一種生物與原生動物的親緣關係較近，另一種則與藻類的親緣關係較近。
回到水黴菌的分類問題，因為水黴菌的營養方式類似真菌，以分解其他生物為生，故依照上文的邏輯應被分在原生菌類。然而近十幾年來，學者利用分子技術及生理和構造上的差異，提出將原生生物界中的藻類等生物獨立成一個新的「原藻界」，水黴菌也被歸入，而我國的中研院生物多樣性研究中心也是採用此種分類模式。
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Kingdom Chromista 原藻界 |
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Phylum Oomycota 卵菌門 |
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Class Oomycetes 卵菌綱 |
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Order Saprolegniales 水黴目 |
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Family Saprolegniaceae 水黴科 |
資料來源：中研院生物多樣性中心臺灣物種名錄 檢索日期2012.3.11
總結而言，生物分類至今還未有一個穩定的系統，每隔幾年就會有學者依據新的證據和研究方法來提出不同的分類系統。關於分類的原理和方法，以及中研院生物多樣性中心目前採用的分類系統，可參考以下文章：
http://taibnet.sinica.edu.tw/chi/hierarchy.php
1.台灣物種名錄分界說明 洪鈴雅、顏聖紘、邵廣昭 2009-10-15
2.系統分類學的演進 邵廣昭 2009-9-15
3.分「界」背後更重要的意義 古訓銘 2009-9-15
4.全部生物應分為幾界? 于名振 2001【動物系統分類綱要】代序
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